گندم (Triticum aestivum) مهمترین گیاه غله کشور می باشد. سطح وسیعی از زمین های زراعی به کشت این گیاه اختصاص یافته است. شناخت ساختار ژنتیکی و ژرم پلاسم یک گیاه اولین گام در اجرای برنامه های اصلاحی آن است. در تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی 42 رقم گندم با استفاده از نشانگر RAPD مورد مطالعه قرار گرفته است. برای این منظور از 20 آغازگر تصادفی استفاده شد که در مجموع 118 باند تکرارپذیر به دست آمد، اندازه این باندها از 300 تا 3000 جفت باز متغیر بود. داده های حاصل برای محاسبه ضرایب تشابه ژنتیکی بر اساس ضریب جاکارد مورد استفاده قرار گرفت. بر این اساس 75 باند پلی مورف و 44 باند مونومورف تولید شد که متوسط بانددهی 3.7 باند پلی مورف برای هر پرایمر بود و پرایمرهای RAPD68 و RAPD28 بیشترین باند پلی مورف را نشان دادند. مقادیر ضریب تشابه بر اساس روش UPGMA در بین ژنوتیپ های مطالعه شده از 0.61 (بین ارقام پیشگام و آزادی) تا 0.96 (بین ارقام شهریار و کویر) به دست آمد. تجزیه کلاستر، در فاصله ژنتیکی 0.7 رقم پیشگام را از سایر ارقام مورد مطالعه تفکیک نمود. سایر ارقام نیز در فاصله ژنتیکی 0.83 به دو گروه تقسیم شدند. نتایج حاصل از PCoA گروه بندی موجود در تجزیه کلاستر را تایید می کند. گروه بندی به دست آمده از پاییزه و یا بهاره بودن ارقام مستقل می باشد، طوری که ارقام بهاره و پاییزه در گروه های مشترک قرار گرفته اند. تحقیق حاضر نشان می دهد که نشانگر RAPD تنوع ژنتیکی موجود در ارقام مورد مطالعه گندم را به خوبی آشکار می کند. نتایج حاصل می تواند برای انتخاب والدین مناسب در تلاقی ها در برنامه های اصلاحی این گیاه به کار برده شود.